저는 개인적으로 이윰빌더에 포함된 ckeditor 보다 그누보드에 포함된 smarteditor2를 사용하고 있습니다.
에디터들마다 장단점이 있으나 smarteditor2는 멀티 이미지 업로드가 있어 저에게는 더 맞더군요.

질문의 요지를 말씀드리자면
그누보드나 이윰빌더에 포함된 에디터들은 모두 다음과 같은 경로에 저장이 됩니다.
"그누보드5/data/editor/업로드 당시의 년월"

위 디폴트 저장 경로를 각 게시판 폴더에 저장하고자 합니다.

개인적으로 smarteditor2를 사용하기에 
그누보드5/plugin/editor/smarteditor2/photo_uploader/popup/index.php 의 소스를 수정하여 저장 경로를 변경하고자 했습니다.

$data_dir = G5_DATA_PATH.'/editor/'.$ym.'/';
$data_url = G5_DATA_DIR.'/editor/'.$ym.'/';

$data_dir = G5_DATA_PATH.'/file/'.$bo_table.'/';
$data_url = G5_DATA_DIR.'/file/'.$bo_table.'/';

현재 그누보드5는 에디터를 통해 첨부된 파일에 대한 삭제가 자동으로 이루어지고 있지 않습니다.
그누보드5/lib/common.lib.php에 에디터를 통해 업로드된 이미지 썸네일 삭제에 관한 소스는 첨부되어 있지만
테스트 결과 썸네일 조차도 삭제가 되지 않는 것 같습니다.
이 부분에 대해 가능하시다면 테스트 부탁드려봅니다.

에디터를 사용치 않는다면 몰라도 첨부된 기능이라면 꼭 개선이 필요한 부분인 것 같습니다.